Về ĐTM, nhiều chuyên gia cho rằng, chúng ta cần phải xác định rõ bản chất của ĐTM. Về mặt khoa học, báo cáo ĐTM chỉ là một công cụ dự báo, phục vụ cho giai đoạn cấp phép dự án, trên thực tiễn, trong giai đoạn xây dựng, vận hành, các vấn đề môi trường của cơ sở hoàn toàn có thể có sự khác biệt so với dự báo trong báo cáo ĐTM, do đó, việc kiểm tra và tiến hành các biện pháp cưỡng chế, xử phạt trên báo cáo này là không hợp lý. Vì vậy, chúng ta nên quy định “mềm hóa” ĐTM và điều quan trọng là phải quản lý đầu ra, tức là sau khi xây dựng xong chúng ta sẽ đưa ra kế hoạch bảo vệ môi trường. Theo nhiều ý kiến tại Hội thảo, mặc dù hiện nay, Luật Bảo vệ môi trường năm 2014, Thông tư số 27/2015/TT-BTNMT ngày 29/5/2015 của Bộ Tài nguyên và Môi trường về đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và kế hoạch bảo vệ môi trường đã có nhiều điểm mới phù hợp hơn, song, các quy định này cũng vẫn còn tồn tại những vướng mắc nhất định về thủ tục hành chính liên quan tới ĐTM như: Việc thẩm định chưa chặt chẽ, chưa có hướng dẫn về đào tạo, cấp chứng chỉ tư vấn ĐTM, chưa quy định rõ trường hợp doanh nghiệp được cấp 01 giấy chứng nhận đầu tư nhưng đầu tư xây dựng nhiều nhà máy tại các địa điểm khác nhau thì làm báo cáo ĐTM cho từng địa điểm hay làm 01 báo cáo ĐTM chung...
Việc triển khai thi hành các quy định pháp luật về thủ tục hành chính liên quan tới cấp phép xả nước thải vào nguồn nước cũng còn một số bất cập. Chẳng hạn: Trong quá trình tham mưu tổ chức thực hiện các văn bản quy pháp luật trong lĩnh vực tài nguyên nước vẫn còn một số nội dung chưa cụ thể, gây khó khăn cho quá trình tham mưu quản lý; thiếu quy định về quy hoạch tài nguyên nước, chưa có quy định cụ thể về chức năng nguồn nước, chưa xây dựng hành lang bảo vệ nguồn nước và quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội và một số quy hoạch ngành chưa nêu cụ thể nguồn nước phục vụ cấp nước sinh hoạt gây khó khăn trong công tác quản lý các nguồn xả nước thải; thủ tục cấp phép phức tạp, phải có kiến thức chuyên môn về môi trường mới lập được hồ sơ, đề án xả thải gây tâm lý e ngại cho các doanh nghiệp; việc lấy ý kiến của cộng đồng dân cư còn mang tính hình thức, công trình lấy ý kiến lại chỉ căn cứ vào lưu lượng nước thải mà không căn cứ vào phân lại nước thải; ở các địa phương khác nhau còn có cách hiểu khác nhau về thẩm quyền cấp giấy phép.