Bên cạnh kết quả đạt được, công tác phối hợp tra cứu, xác minh, cung cấp thông tin từ cơ quan Công an để cấp Phiếu lý lịch tư pháp vẫn còn tồn tại một số hạn chế, bất cập như: Có tình trạng người yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp khai không đúng, không đầy đủ, cụ thể thời gian, địa chỉ nơi cư trú (do Luật không quy định phải có xác nhận của chính quyền địa phương), hoặc khai sai thông tin cá nhân so với khi làm chứng minh nhân dân/căn cước công dân; phiếu yêu cầu xác minh còn sai một số thông tin cơ bản so với tờ khai cấp Phiếu lý lịch tư pháp, chứng minh nhân dân/căn cước công dân hoặc hộ chiếu của người yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp; tài liệu trong hồ sơ và bản sao bị mờ, nhòe, không rõ số, chữ, vân tay, không đúng tỷ lệ 1/1 theo hướng dẫn của cơ quan chức năng Bộ Công an; công tác xác minh điều kiện đương nhiên được xóa án tích còn nhiều khó khăn; trang bị cơ sở vật chất, trang thiết bị cho bộ phận làm công tác phục vụ cấp Phiếu lý lịch tư pháp còn chưa đầy đủ, đồng bộ, các phương tiện được trang bị lâu năm đã xuống cấp; một số cán bộ còn lúng túng trong việc vận hành, quản trị phần mềm “giải pháp công nghệ thông tin” trên môi trường internet. Nguyên nhân của hạn chế, bất cập là do nhận thức, ý thức chấp hành các quy định pháp luật của một bộ phận nhân dân còn hạn chế; một bộ phận cán bộ chưa nhận thức hết vai trò, vị trí, tầm quan trọng của Luật Lý lịch tư pháp trong đời sống xã hội.
Độc giả muốn tìm hiểu đầy đủ, cụ thể hơn về vấn đề này có thể tìm đọc bài viết “Công tác phối hợp tra cứu, xác minh, cung cấp thông tin từ cơ quan Công an để cấp Phiếu lý lịch tư pháp” trong ấn phẩm 200 trang “Mười năm thi hành Luật Lý lịch tư pháp” xuất bản năm 2021 của Tạp chí Dân chủ và pháp luật.